Die politische Begleitung der europäischen Forschungsinitiative EUREKA und die administrative Betreuung der Projekte sind in einem dezentralen Netzwerk organisiert, in dem die Regierungen aller Mitgliedsländer und die Europäische Kommission vertreten sind. Im jährlichen Wechsel übernimmt ein Mitgliedsland den Vorsitz und koordiniert die politische und strategische Fortentwicklung. Die Gremien werden dabei jeweils von einem Vertreter des Vorsitzlandes geleitet. Seit 1. Juli 2010 hat Israel den Vorsitz inne.